ხარისხის ინფრასტრუქტურის, როგორც ერთიანი სისტემის ეფექტური ფუნქციონირების მიზნით, ბაზარზე ზედამხედველობის სააგენტო აქტიურად თანამშრომლობს შემდეგ ეროვნულ უწყებებთან:

სსიპ აკრედიტაციის ერთიანი ეროვნული ორგანო - საქართველოს აკრედიტაციის ცენტრი - აკრედიტაციის ცენტრი არის საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს სისტემაში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირი, რომელიც გასცემს აკრედიტაციის მოწმობას და ოფიციალურად აღიარებს შესაბამისობის შემფასებელი პირის კომპეტენტურობას შესაბამისი საქმიანობის განსახორციელებლად. ამ კუთხით, ბაზარზე ზედამხედველობის სააგენტოსთვის განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია აკრედიტაციის ცენტრთან თანამშრომლობა.

სსიპ საქართველოს სტანდარტებისა და მეტროლოგიის ეროვნული სააგენტო - სტანდარტებისა და მეტროლოგიის ეროვნული სააგენტო ასევე ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს სისტემაში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირია, რომლის მანდატი მოიცავს სტანდარტიზაციისა და მეტროლოგიის სფეროში სახელმწიფო პოლიტიკის შემუშავებასა და განხორციელებას. სააგენტო განსაზღვრავს პროდუქტებისა და წარმოების მეთოდებთან დაკავშირებულ წესებს, პრინციპებსა და ზოგად მახასიათებლებს.

სსიპ შემოსავლების სამსახური - შემოსავლების სამსახური არის საქართველოს ფინანსთა სამინისტროს საჯარო სამართლის იურიდიული პირი, რომელიც პასუხისმგებელია საგადასახადო კონტროლის, საბაჟო კონტროლისა და საბაჟო ზედამხედველობის განხორციელებაზე. შემოსავლების სამსახურისა და ბაზარზე ზედამხედველობის სააგენტოს ერთიანი ელექტრონული პლატფორმის მეშვეობით, ეკონომიკური ოპერატორი ტვირთავს პროდუქტის იმპორტის შესახებ წინასწარ შეტყობინებას. იმ შემთხვევაში, თუ შემოსავლების სამსახური ფლობს ინფორმაციას იმპორტირებული საფრთხის შემცველი პროდუქტების შესახებ, იგი ვალდებულია არ დაუშვას ასეთი პროდუქტების იმპორტი და აცნობოს ბაზარზე ზედამხედველობის სააგენტოს ასეთი შეუსაბამობების შესახებ. შემოსავლების სამსახურისა და სააგენტოს მჭიდრო თანამშრომლობა მნიშვნელოვნად ამარტივებს ბაზარზე ზედამხედველობის განხორციელებასა და იმპორტის პროცესს.